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绿色食品标志使用费计入科目：
绿色食品标志使用费通常计入长期待摊费用，然后摊销计入销售费用核算。
绿色食品标志认证费和使用费是进管理费用还是无形资产科目。
绿色食品标志收费规定：
第一条为规范绿色食品认证及标志使用收费行为，维护绿色食品标志所有者和使用者的合法权益，促进绿色食品事业的健康发展，特制定本办法。
第二条农业部负责组织实施绿色食品的质量监督、认证工作，中国绿色食品发展中心依据标准认定绿色食品，依据《商标法》实施绿色食品标志商标管理。
第三条中国绿色食品发展中心开展绿色食品认证和绿色食品标志许可工作，可收取绿色食品认证费和标志使用费。
第四条绿色食品认证费由申请获得绿色食品标志使用许可的企业在申请时缴纳，具体收费标准按附件二的规定执行。
第五条绿色食品标志使用费由获得绿色食品标志使用许可的企业在每个绿色食品标志使用年度开始前缴纳，标志使用权有效期3年。具体收费标准按附件二的规定执行。
第六条下列产品的标志使用费按优惠政策收取：
(一)国家扶贫开发工作重点县企业的初级产品、初加工产品、深加工产品;
(二)西部地区企业的初级产品;
(三)获得绿色食品标志商标使用许可当年的产品。
具体优惠政策按农业部的规定执行。
第七条在申请绿色食品标志使用过程中需接受环境监测和产品检验的企业，应按规定缴纳环境监测费和产品检验费，环境监测费和产品检验费由具有环境监测或产品检验资格的单位在实施监测或检验时收取，收费单位应按规定到指定的价格主管部门申领《收费许可证》，并使用规定的收费票据。环境监测费和产品检验费的具体收费标准按附件三、四的规定执行。
第八条在企业使用绿色食品标志期间，为实施监督管理所进行的产品检验和环境监测，其费用由实施监督管理的单位负担;监督管理要求的企业整改复检，其费用由企业负担;企业申请的仲裁检验，其费用先由企业垫付，再根据仲裁检验结果由责任方负担。
第九条绿色食品认证费和标志使用费的收入作为绿色食品事业的一项资金来源。认证费主要用于受理认证申请、认证检查、认证审核、制发证书、颁布公告等;标志使用费主要用于标志管理和发展绿色食品事业。
第十条收取认证费和标志使用费的有关事项，应在《绿色食品标志商标使用许可合同》中依照本办法的有关规定予以约定。
第十一条未按规定缴纳认证费或标志使用费的，中国绿色食品发展中心可以对其做出不予或终止绿色食品标志使用许可的处理。
第十二条中国绿色食品发展中心收取绿色食品认证费和绿色食品标志使用费，应到国家发展改革委办理《收费许可证》，使用税务发票，依法纳税。
第十三条中国绿色食品发展中心除收取绿色食品认证费和绿色食品标志使用费外，不得另外收取绿色食品标志工本费，收费单位应严格按照本办法规定执行，不得擅自扩大收费范围、提高收费标准，自觉接受社会监督。
第十四条本办法由国家发展和改革委员会负责解释。
第十五条本办法自二OO四年一月一日起施行。
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